בס' המנהגים עמ' 64 הע' 39 (המנהגים וההערות בעמ' זה הם מהרבי) כתב שצריך לומר "שבתות ... בם" בנעילה, ומסיים: "כמובן, כן הוא גם בשבת שחל בו יום-טוב".

וצ"ע מפני מה לא נכנס הדבר מאז כתיקון בסידורינו בתפילת יו"ט (שבשבת במנחה צ"ל: "שבתות ומועדי קדשך"), עכ"פ כהערת-שוליים.

[העירני הרה"ח ר' טוביה שי' זילברשטרום שצ"ע מה מקור ההוספה, כי תיבות אלו אינן מופיעים במנהגים שבמחזור השלם, ואף לא בהוספות לשו"ע אדה"ז. ושאולי מטעם זה לא נכנס התיקון בסידור].

אגב, יש לברר מה הטעם שבשבת שחל בו יו"ט (משא"כ בר"ה ויוהכ"פ) אין אומרים כלל "וינוחו" (גם בשחרית)?

באבודרהם, סדר מעריב של שבת, כתב: "וגם בשבת עם יום-טוב אומר "וישמחו" [במקום 'וינוחו'], כמו שאמרנו [לעיל אודות 'בשמחה ובששון'], שגם בשבת נופל לשון שמחה" [אגב, במנהגי טירנא ובשו"ת מהרי"ל החדשות סי' לד ובב"י סי' רפא מביאים הנוסח לומר 'וישמחו' גם בשבת סתם, וראה לקוטי שיחות ח"ד עמ' 1090 הע' 21, וכ"ה בכמה סידורים נוסח ספרד של החסידים, כתוספת במוסגר "וישמחו בך ישראל אוהבי שמך"].

ואולי הכוונה שכשאפשר להזכיר שמחה, זה עדיף מלהזכיר מנוחה. ועצ"ע.