ב'שיעורים בס' התניא' בהקדמה ל'אגרת התשובה' (ע' 971) מביא מ'ספר השיחות' תש"א (ע' 142): "שד' חלקי ה'תניא' הם כנגד ד' חלקי השלחן ערוך". את שייכותו של חלק הג' ('אגרת התשובה') לחלק הג' שבשו"ע ('אבן העזר'), מסביר כ"ק אדמו"ר גם ע"פ חסידות וגם ע"פ נגלה.

"ע"פ חסידות..תשובה תתאה ותשובה עילאה..הן ב' האותיות 'ה' שבשם הויה..הרי זה הסדר 'נשים, מלכות ובינה..וכשם שהסדר בש"ס, שבתחילה בא מסכת גיטין ולאחריה מסכת קידושין..כך גם הסדר בנוגע ל'נשים' ברוחניות..שאי אפשר שיהיה ענין עבודת ה' מבלי שיהיה לפני זה ענין התשובה..ובנגלה ממש..הגמרא (יומא פו, ב) אומרת שרבי יוחנן אומר שתשובה דוחה לא תעשה שבתורה, ומביא מהפסוק (ירמיה ג, א) "לאמר הן ישלח איש את אשתו והלכה מאתו לאיש אחר הישוב אליה עוד, ואת זנית רעים רבים ושובי אלי"..הרי ברור מהגמרא שענין התשובה הוא ענין הקידושין שאחרי גירושין", ע"ש.

ויש לבאר עוד בפשטות השייכות של 'אגרת התשובה' לחלק 'אבן העזר' שבשו"ע, דהנה כתב רבנו הזקן בתניא (פרק לב): "ומה שכתב בגמרא [פסחים קיג, ב] שמי שרואה בחבירו שחטא מצוה לשנאותו וגם לומר לרבו שישנאהו, היינו בחבירו בתורה ומצות" וכו', והכוונה כאן בנוגע לכל חטא שעבר חבירו.

אמנם בגמרא שם נאמר זאת בנוגע ל"הרואה דבר ערוה בחבירו" שאומר רב נחמן בר יצחק שמצוה לשנאותו וכו'. אבל באמת מדובר בנוגע לכל חטא כמו חילולי שבת ומאכלות אסורות וכו'. וזה שבגמרא מדובר באיסורי עריות, י"ל דסתם (עיקר) עבירה הוא איסורי עריות. ועל דרך שסתם מצוה הוא מצות הצדקה, כמ"ש רבנו הזקן בתניא (פרק לז): "ובכל תלמוד ירושלמי היא נקראת בשם מצוה סתם כי כך היה הרגל הלשון לקרוא צדקה בשם מצוה סתם מפני שהיא עיקר המצות מעשיות ועולה על כולנה", וכו'.

עד"ז י"ל דעבירה סתם הוא בעיקר איסורי עריות, וכמו שמצינו בספרי (מטות לא, יז): שבלעם לא בחר להכשילם בחילולי שבת או במאכלות אסורות וכיו"ב, אלא דוקא בעריות.

ולפי"ז יבואר היטב הקשר של 'אגרת התשובה' לחלק 'אבן העזר' דוקא, כי עיקר התשובה היא על עיקר (סתם) העבירה. ולפי"ז יבואר גם מדוע כשרבנו הזקן מביא דוגמא על ענין הצומות מביא בעיקר על ענין של שמירת הברית, כי זה עיקר התשובה ששייך לחלק 'אבן העזר'.

ועפ"ז יבואר גם בפרק יד שכתב רבנו הזקן: "אך אעפ"כ צריך לקבוע לו עתים גם כן לשית עצות בנפשו להיות מואס ברע כגון בעצת חכמינו ז"ל [שבת קנב, א] אשה חמת מלאה צואה כו', וכהאי גוונא, וכן כל מיני מטעמים ומעדנים נעשים כך חמת מלא כו', וכן כל תענוגי עוה"ז" וכו', כי סתם עבירה הוא עניני 'אבן העזר' ע"ד שלהבדיל סתם מצוה הוא צדקה.

ולכן גם בגמרא יומא (פו, ב) שמבארת מה היא תשובה גמורה מבהיר רב יהודה: "באותה אשה באותו פרק ובאותו מקום", כי סתם עבירה הוא עניני 'אבן העזר'.