במדרש תהלים (עה"פ 'בתורת ה' חפצו'): "רבי אליעזר אומר, אמרו ישראל לפני הקב"ה רוצין אנו ליגע בתורה יומם ולילה אבל אין לנו פנאי, אמר להם הקב"ה קיימו מצוות תפילין ומעלה אני עליכם כאילו אתם יגעים בתורה יומם ולילה. רבי יהושע אומר, מה שאמר רבי אליעזר, אינו אלא פרט ללילות, שאין מצוות תפילין מתקיימת אלא ביום, שנאמר, ושמרת את החוקה הזאת למועדה מימים ימימה [ימים ולא לילות]. אמר לו רבי אליעזר: ומה את מקיימת ובתורתו יהגה יומם ולילה? [כלומר, וכי לדעתך יכולים בני אדם לעסוק בתורה ממש כל היום וכל הלילה?!] אמר לו רבי יהושע: זו קריאת שמע, שאדם קורא אותה שחרית וערבית ומעלה עליו הקב"ה כאילו יגע בתורה יומם ולילה".

יש להבין, מהו הויכוח בין שני התנאים? הרי שניהם מודים שאין אפשרות לקיים "והגית בו יומם ולילה פשוטו כמשמעו", ומאי נפקא מינה אם משלימים זאת ע"י תפילין או ע"י קריאת שמע?

כדי לבאר זאת, יש להקדים:

דהנה קיימא לן (ומפורש בירושלמי במסכת שבת פ"א) מבטלין תלמוד תורה בשביל מצוה עוברת, שאם נזדמנה לו לאדם מצוה כזו, שאם יבטלה עכשיו לא יוכל לקיימה [כגון סוכה ולולב]. לעומת זאת קיימא לן (סוכה כה, א), העוסק במצוה פטור מן המצוה ואפילו תתבטל המצוה השניה. הטעם לכך הוא: כי מצות תלמוד תורה היא מצוה כללית [כעין הכנה שנוכל לקיים את שאר המצוות] לכן היא נדחית מפני מצוה פרטית שהרי גדול תלמוד [רק] משום שמביא לידי מעשה.

ובזה יש לבאר את דברי המכילתא (פ' בא עה"פ ולזכרון) שהקורא בתורה פטור מן התפילין. ולכאו' הדברים תמוהין, דאדרבא, קיי"ל מבטלין תלמוד תורה מפני מצוה עוברת. ולהנ"ל אתי שפיר, דבתפילין נאמר (שמות יג) והיה לך לאות על ידך ולזכרון בין עיניך למען תהיה תורת ה' בפיך, הרי, שכל עיקרה של מצוות תפילין היא כדי להזכיר לבני אדם שעליהם לעסוק בדברי תורה, ולכן, הקורא בתורה פטור מן התפילין.

ולפי זה, ניתן לומר דבר חדש, שמצות תפילין היא מצוה כללית כמו תלמוד תורה, ובדין הוא שיבטלו מצות תפילין עבור קיום מצווה פרטית, כמו שמבטלים תלמוד תורה לקיום מצוה פרטית.

ובזה יש להסביר מחלוקת בין הבבלי לירושלמי. בתלמוד בבלי במנחות (לב) מבואר: מזוזה שבלתה עושין ממנה תפילין, ותפילין שבלו אין עושין מהם מזוזה. לפי שאין מורידין מקדושה חמורה לקדושה קלה, ותפילין קדושתן חמורה, שיש בהן ארבע פרשיות ובמזוזה רק שתים. אך בירושלמי (סוף מסכת מגילה) איתא: "מזוזה שבלתה אין עושין ממנה תפילין - תפילין שבלו עושין מהם מזוזה, מעלין בקודש" [כלומר,שמעלת המזוזה גדולה מן התפילין]. וצריך ביאור טעם הירושלמי מהי מעלת המזוזה על תפילין. ולהנ"ל יש לבאר, דהירושלמי סובר שתפילין הם בגדר מצוה כללית (כמו תלמוד תורה), ומבטלים תפילין כדי לקיים מצוה פרטית, ולכן מותר לעשות מזוזה מעור של תפילין. אך 'הבבלי' סובר, שתפילין הם מצווה פרטית [לזכור את יציאת מצרים] ואין היא גרועה ממצות מזוזה, וממילא אזלינן בתר קדושתן אין מורידין מקדושה חמורה לקדושה קלה.

לפי האמור, יש לבאר מה שאמרו במסכת עירובין (צו, ב) דלרבי מאיר ורבי יהודה תפילין הם מצוות עשה שלא הזמן גרמא, וממילא שבת ולילה זמן תפילין הוא. ולכאו' תמוה מאוד, האם לא מודים ר"מ ור"י שנשים פטורות מתפילין? והרי כל הנשים שבעולם אינם מניחות תפילין (חוץ ממיכל בת שאול) ואילו התפילין הם מצוה שלא הזמן גרמא הרי היו כל הנשים חייבות בתפילין. אך לפי ההסבר הנ"ל ניחא,שאמנם לדעת רבי מאיר ורבי יהודה, גם לילה וגם שבת וי"ט הוא זמן תפילין,אבל לא משום שתפילין הם מצוה ככל המצות שלא הזמן גרמה, אלא משום שתפילין הם בגדר שינון דברי תורה, ואיך יתכן שבלילה הוא פטור מתפילין, הלא אין רינה של תורה אלא בלילה. ומכל שכן שבת ויום טוב שלא ניתנו אלא לעסוק בהן בתורה. וממילא מוכרח הוא שתפילין נוהגים גם בשבת ולילה. אך מכיון שנשים פטורות מתלמוד תורה דכתיב ושננתם לבניך ולא לבנותיך, ממילא הם פטורות גם מן התפילין.

ולפי הנ"ל יש לבאר את דברי המדרש תהלים: רבי יהושע סובר, שתפילין נוהגים רק ביום כדדרשינן "ימים ולא לילות", וממילא מוכח שאין ענינם קשור למצות תלמוד תורה הנוהגת יומם ולילה והם מצוה פרטית בפני עצמה להזכיר יציאת מצרים. אבל רבי אליעזר סובר, שכל עיקרה של מצוות תפילין היא להזכיר לבני אדם שעליהם לעסוק בדברי תורה, ככתוב "והיו לך לאות על ידך ולזכרון בין עיניך למען תהיה תורת ה' בפיך", ובאמת לדבריו מצות תפילין היא מצוה שאין הזמן גרמא כסברת הגמ' בעירובין ונוהגת גם בלילה, כמו שתלמוד תורה נוהג ביום ובלילה.