ב"אוצר מנהגי חב"ד" ניסן (ע' קנ) מביא מ"ש בשער הכולל סמ"ט ס"ז: "הטעם שהנהיג אדמו"ר [הזקן] לספור ספירת העומר קודם עלינו וכו'", ושואל היכן מצינו שהנהיג אדה"ז לספור ספרה"ע קודם עלינו, שהרי בסידור לא נרשם היכן.

ויש להעיר משוע"ר סי' תפט סכ"ו דכתב: "ובין המקומות שמבדילין במ"ש קודם ויתן לך מיד אחר קדיש תתקבל ובין במקומות שאומרים ויתן לך קודם ההבדלה סופרים מיד אחר קדיש תתקבל, לפי שיש לנו להקדים הספירה דכל מה שאפשר ומיד שנסתלקה התפילה בקדיש שלאחריה חל עלינו מצות ספירה" (ועיין גם סי' נה סעי' ד). ומשמע דס"ל דמקום הספירה הוא קודם עלינו מיד אחר קדיש תתקבל, וכיון שמובן דהתפילה מסתיימת בקדיש שלאחריה, א"כ יש לפרש מ"ש בסדור קודם ספרה"ע "מתחילין לספור ספירת העומר תיכף אחר תפילת ערבית", דכוונתו שסופרים אחר קדיש תתקבל וקודם עלינו.

אלא שלפי"ז עדיין צ"ע שבליל שבת קודש אין סופרים אחר קדיש תתקבל אלא רק קודם עלינו.

ואולי י"ל דמבואר בשוע"ר שם ש"במקומות שנוהגין לקדש ולהבדיל בביהכ"נ על יין סופרים העומר בליל שבת ויו"ט אחר הקידוש וכו'" (ועייג"כ סי' רסט), א"כ כיון שבעבר היה המנהג לקדש בביהכ"נ, ורק אח"כ היו סופרים ספרה"ע, נשאר המנהג לספור בסיום התפילה קודם עלינו.