ב"ערוך לנר" (סוכה מא, א) מקשה על שיטת רש"י ותוס' (שם) שס"ל שביהמ"ק השלישי בנוי ומשוכלל הוא יגלה ויבוא מן השמים – שלפי שיטה זו אינו מובן ל' הש"ס (שם) "דאיבני בליליא", שהרי ביהמ"ק כבר בנוי ומשוכלל! והול"ל "דאתגלי בליליא", וכיו"ב. וכן מקשה מנוסח התפילה שמבקשים "יהי רצון מלפניך שיבנה ביהמ"ק במהרה בימינו" (וראה משנה סוף תענית. ועוד), דמה בקשה היא זו, והרי ביהמ"ק כבר בנוי ומשוכלל, ומה יש לבקש "שיבנה". עכת"ד.

ובמחכ"ת, אין זו קושיא כלל, ושיטת רש"י ותוס' מובנת שפיר:

אמנם ביהמ"ק כבר בנוי ומשוכלל, אבל עם זה הרי גם קביעתו בקרקע הר הבית בשם "בנין" תקרא. ועל זה מבקשים "שיבנה בית המקדש". ואנא אמינא לה, הוא גמ' מפורשת (שבת קב, ב) שמתחייב משום מלאכת בונה כאשר מניח האבן העליונה של הבנין ע"ג שאר האבנים, ואע"פ שאינו עושה שום שינוי בצורת האבן, ואף אינו מדביקה בטיט, עצם ההנחה בראש הבנין מהווה פעולת בנין. וא"כ פשוט שה"ה בנדו"ד (ואת"ל – כ"ש וק"ו), שהנחתו של בית המקדש בקרקע הר הבית, נקראת "בנין", ("דאיבני בליליא", "שיבנה בית המקדש").

ולחידודא י"ל בביאור הדבר, שאף כי ביהמ"ק כבר בנוי ומשוכלל, הרי עדיין לא חל עליו שם "בית", כי אינו עומד בצורה קבועה על קרקע, וכדיוק ל' רש"י (שם) "מקדש העתיד שאנו מצפין בנוי ומשוכלל הוא", – ולא כתב "בית המקדש", כי בהיות בנוי ומשוכלל למעלה לא חל עליו שם "בית"; וע"ז מבקשים "יהי רצון מלפניך שיבנה בית המקדש", שייקבע המקדש בארץ בתור "בית", ומדוייק גם בל' הש"ס (שם) "מהרה יבנה בית המקדש", "דאשתקד דלא הוה בית המקדש .. השתא דאיכא בית המקדש", – כי "מקדש" נמצא תמיד, למעלה, משא"כ "בית המקדש", שע"ז אנו מצפים ומקווים כל היום.

ולהוסיף, שלפ"ז יש לפרש כמה דיוקים בנוסח תפילת המוספין דשבת ראש חודש, וכן תפלת המוספין דג' רגלים, ועוד חזון למועד בע"ה.