שו"ע או"ח סי' כה סעי' א': "אחר שלבש טלית מצויצת יניח תפילין שמעלין בקודש והמניחים כיס התפילין לתוך כיס אחת צריכין ליזהר שלא יניח כיס התפילין למעלה כדי שלא יפגע בהם תחלה ויצטרך להניחם קודם הטלית, כדי שלא יעברו על המצוות".

ועיין במ"א ס"ק א', שס"ל, דאפילו אם נגע בתחילה בהתפלין אין קפידא בזה כיון שהתפילין עצמן מונחים בתוך כיסן, אבל עיין בהביאור הלכה ד"ה שלא יניחו שהב"ח הט"ז והנשמת אדם אין מחלקין כהמ"א. וממשיך שם הביאור הלכה, שאפילו אם אירע לו כן כשהוא יושב בבהכ"ס ברבים ומתבייש עי"ז, מסתפיקנא אם יש להקל, מכיון שדעת ה"חי אדם" והפמ"ג דהדין דאין מעברין על המצות דין תורה הוא, וכבר פסק בשו"ע לעיל סימן יג בהג"ה דד"ת אין נדחה מפני כבוד הבריות, עיין שם כל דבריו.

אבל עיין שו"ע רבינו סעיף ב', "המניחין הטלית וכיס התפילין לתוך כיס א' יזהרו לכתחילה שלא יניחו כיס התפילין למעלה מן הטלית כדי שלא יפגע בתפילין קודם שפגע בטלית ויצטרך להעביר על המצות כדי להתעטף בהציצית קודם הנחת התפילין שהרי מצות ציצית היא תדירה שנוהגת בין בחול בין בשבת ותפילין אינן נוהגין בשבת ויו"ט ותדיר קודם לשאינו תדיר".

דמדברי רבינו מוכח שהוא סובר קצת כהמ"א שלא שייך כאן האיסור של אין מעבירין על המצוות כיון שהתפילין מכוסים, אבל כיון שסוף כל סוף יש תפילין בתוך הכיס ע"כ לכתחילה אין לשים התפילין בתוך כיס הטלית באופן שיצטרך לעבור על המצוה.

ונראה לומר שאחד המקורות של רבינו הוא מהמשנה במנחות פ"ב: "מצות העומר להביא מן הקרוב", ועיין שם בהגמרא "ואיבעית אימא משום דאין מעבירין על המצות".

והנה משם מוכח שגדר הדין דאין מעבירין על המצות שייך אפילו במקום שליכא עדיין החפצא של המצוה. דהנה קודם שקוצרים השעורים הרי אין על השעורה שום קדושת מצוה, ומ"מ מצינו ששייך שם גדר דאין מעבירין על המצוות, דמשום כך צריך לקצור דוקא מן הקרוב, וכ"ש בנידון דידן שכבר יש החפצא של מצוה היינו התפילין (אלא שהן מכוסין), ששייך הדין של אין מעבירין על המצוות.

ועיין לשון הרמב"ם הלכות תמידין ומוספין פרק ז' הלכה ה', "אין מביאין מנחה זו אלא מארץ ישראל שנאמר והבאתם את עומר כו' לא בא מן הקרוב ומביאין אותה מכל מקום מארץ ישראל".

בין מלשון המשנה "מצות העומר" ובין מלשון הרמב"ם מוכח שדין זה הוא רק לכתחילה, וע"כ יפה כותב רבינו כאן שאע"פ שאינו עובר על "אין מעבירין על המצוות" בשהתפילין מכוסין, מ"מ צריך להשתדל להניח התפילין תחת הטלית כדי שלא יצטרך לעבור על המצוה.