במפתחותיו של רבינו ללקו"ת, במדור "ביטוים בלתי רגילים", בערך 'מנהגים' – ביאור מנהגים שאין נוהגים בחב"ד – נרשמו שלושה מנהגים:

[א] אמירת "אל תירא עבדי יעקב" במוצאי ש"ק, [ב] אמירת "לשם יחוד" קודם כל מצוה, [ג] "אור חדש על ציון תאיר" [הנאמר – לא לנוסח חב"ד – בסיום ברכת "יוצר אור"].

ולכאורה צ"ע מדוע נרשם כאן המנהג השלישי; הניחא המנהג הראשון שנאמר בלקו"ת (בלק עב, ב): "וזהו מה שאומרים במוצאי שבת אל תירא עבדי יעקב", וכן המנהג השני שנאמר שם (דרושים לר"ה נה, ג): "ולכן אומרים בכל מצוה לשם יחוד קוב"ה ושכינתיה", אבל לגבי "אור חדש" (שנסמן שם לשה"ש כ, ב), הנה לא נכתב שם בלקו"ת שאומרים נוסח זה, אלא רק שע"י תשובה עילאה מעומקא דליבא משכין ליה בחילא יתיר, וע"י זה "אור חדש על ציון תאיר".

ועוד צ"ע, שהרי ביטוי זה מובא כבר לעיל מיניה (בדף ט, ב), ושם נאמר: "וזהו המחדש בטובו.. ועי"ז אח"כ אור חדש על ציון תאיר", ואע"פ שכאן ניכרת ביתר בירור השייכות לנוסח התפילה, הנה דוקא לדף זה לא ציין רבינו כלל!

ואין לתרץ ולומר, שהרבי מגדיר כל נוסח המובא בלקו"ת והשונה מהנוסח שלנו, כ"מנהג שאין נוהגים בחב"ד" – שהרי מצינו בלקו"ת עוד הרבה לשונות שאינם נאמרים בנוסח חב"ד (או שהם נאמרים בשינוי), ואעפ"כ אין הרבי משלב אותם בין המנהגים שאינם נוהגים בחב"ד.

כגון, המובא בלקו"ת פ' אמור (לה, ב): "והחיות זעות מחיל כסא נושאות ומנושאות עם כסא", שהוא מלשון הפיוט "וחיות אשר הנה מרובעות" הנאמר – לא בחב"ד – באמצע קדושת "כתר" במוסף לראש-השנה, ונוסח זה לא נרשם במפתחות כ"מנהג שאין נוהגים בחב"ד".