מבואר בלקו"ש בחי"א ובכ"מ בענין "פקודי המשכן שנתמשכן בשני חורבנין על עונותיהם של ישראל, ונקודת הביאור שם בזה שרמז הכתוב לב' מקדשות כפי שהם משכון שהוא ענין החורבן: "...דאדרבא משכון - מדגיש ומחדש שהדבר נמצא בשלימותו תמיד אפי' כשעבר מרשות לרשות, חורבן ביהמ"ק לא היה באופן שהקב"ה ביטל המציאות ח"ו, כ"א רק שלקח את המקדש בתור "משכון" ואח"כ החזירו (ועתיד להחזירו) לבנ"י".

ומבאר גם: "...מה שרש"י מסיים בפי': "על עונותיהם של ישראל" - כי כי"ז מבאר למה אי"ז אלא משכון: דאילו יצוייר שהחורבן הוא מצד המקדש עצמו )שהגיע סוף זמן קיומו שהוקבע לו בתחילה וכיו"ב), הרי"ז ביטול אבל מאחר דהסיבה היא "עונותיהן של ישראל" היינו שהנהגת בנ"י גרמה - הרי"ז רק פוגע בהשייכות דביהמ"ק לבנ"י".

ויש להעיר דבזה יומתק השינוי בין לשון רש"י ללשון המדרש במ"ר שמות פל"א י': "...התניתי עמהם אם יחטאו יהא ביהמ"ק מתמשכן עליהם שנא' ונתתי משכני בתוככם .. וכן בלעם אומר מה טובו אהליך יעקב משכנותיך ישראל. שני משכונות. ונקראו .. משכנותיך כשהם חריבים. לא מפני שאני חייב לעכו"ם אני ממשכן להם משכני. אלא עוונותיכם גרמו לכם שאמשכן להם מקדשי ... א"ל משה ולעולם הם ממושכנים א"ל לאו אלא עד בא השמש עד שיבא המשיח...", דסגנון המדרש הוא בענין השלילי דמשכון דדלא נמצא בידינו אבל ברש"י עיקר ההדגשה הוא לומר דבענין החיובי ששבזה שכל המטרה של המשכון שיהיה בשלימות ולבסוף יחזירו ולכן מסיים הן בפ' פקודי והן בפר' בלק בזה שהמשכון הוא לכפר על הנפשות ועל עוונות בנ"י.

עוד חילוק, בנדרש ההדגשה הוא "אל תיקרי משכני אלא משכוני..." אבל ברש"י פרשת בלק משלב הפי' ביחד לומר שביהמ"ק הוא משכני גם בחורבנם: "משכנותיך, אף כשהן חריבין לפי שהן משכון עליהם וחרבנן כפרה על הנפשות...".

וכן אינו דומה לסגנון התנחומא פקודי דשם מודגש מעלת כפרת ישראל ע"י המשכן בכללות אבל לא בעצם החורבן בתור משכון משא"כ ברש"י.