באגה"ק סכ"ו דוחה רבנו הזקן את הסברא שתורת הנגלה היא היא אילנא דטוב ורע (כפי שניתן לטעות בפירוש מאמר הזהר שמביא בריש האגרת), וכותב 'שהוא פלא גדול מחמת עצמו, וסותר פשטי הכתובים ומדרשי רבותינו", ומאריךבכו"כ פירכות על סברא זו.

ובהמשך הדברים מסביר, שכוונת הזהר אינה שתורת הנגלה עצמה היא עץ הדעת טו"ר, אלא שהיא מבררת, על ידי לימודה, את הטוב מהרע.

והעירני ח"א, דהנה בהמשך הביאור כותב ש"גם מלכות דאצילות נקרא בשם עץ הדעת טוב ורע לגבי ז"א דאצילות, שאינו יורד שם", ולכאורה לפי זה צ"ע, דהרי באותה אגרת שולל בתכלית את הפירוש בזהר שתורת הנגלה, המדברת ומלובשתבדברים גשמיים, תיקרא אילנא דטו"ר, ולקראת סיום אותה אגרת כותב בפשטות שמלכות דאצילות נקראת עץ הדעת טו"ר, דלפי זה למה מופרך שגם נגלה שבתורה עצמה תיקרא עץ הדעת טו"ר?!

ואולי אפשר ליישב, דלשון הזהר הוא "אילנא דטוב ורע", שמשמעו שהאילן עצמו יש בו טוב ורע, וזה אי אפשר לומר על התורה הנגלית; משא"כ לשון הכתוב הוא "עץ הדעת טוב ורע", שאין בעץ עצמו רע אלא רק ידיעת הרע שמחוץ הימנו, ולכן ניתן להחיל תואר זה על המלכות. אלא שצ"ע מדוע אכן תרגם הזהר כך את לשון הכתוב.