שלושה טעמים נאמרו לנט"י שחרית:

א) לפי שהידים עסקניות ומהסתם נגעו בשינה במקומות המטונפים (שוע"ר מהדו"ק סי' ד ס"ג. מהדו"ב סי' א ס"ו. סי' ד ס"א. סידור הל' נטילה שחרית). טעם זה לחוד שייך כשאין ידיו נקיות לפני תפלת מנחה וערבית (מהדו"ב רס"י ד).

ב) לפי שהישן בלילה נסתלקה נשמתו ובאה רוח טומאה וכשניעור נשארה רוח טומאה על הידים (שוע"ר מהדו"ק סי' ד ס"ד. מהדו"ב סי' א ס"ז. סי' ד ס"א. סידור שם). טעם זה לחוד שייך כשהשכים ונט"י וחזר לישון (מהדו"ק סי' ד סי"ד. סידור שם סד"ה אם עשה).

ג) כשהקב"ה מחזיר נשמתו נעשה כבריה חדשה וצריכים להתקדש בקדושתו ונט"י ככהן שמקדש ידיו מהכיור (שוע"ר מהדו"ק ומהדו"ב סי' ד ס"א. רס"י ז. סידור סדר הנטילה בתחלתו ובסד"ה אם עשה).

הנפ"מ בין שלושת הטעמים:

א) נטילה במים ג"פ. לטעם הא' סגי בכל מילי דמנקי (שוע"ר מהדו"ק סי' ד ס"ג. מהדו"ב סי' ס' ס"א) אלא שלכתחלה יחזור אחר מים (מהדו"ב סי' ד ס"א). ולכן לפני התפלה כשאין לו מים סגי בנקיון בכל מילי (מהדו"ק סי' ד ס"ג. סי' צב ס"ד). לטעם הב' צ"ל ג"פ בסירוגין (שוע"ר מהדו"ק סי' ד ס"ד. מהדו"ב סי' א ס"ז. סי' ד ס"ב. סידור שם). לטעם הג' סגי בפעם אחד ברביעית מים (סידור ד"ה לכתחלה).

ב) רביעית מים כשרים לנטילה מכלי ומכח אדם. לטעם הא' בלבד (היינו קודם התפלה) נת"ל שסגי בכל מילי דמנקי, וגם במים א"צ רביעית ומים כשרים לנטילה וכלי וכח נותן (מהדו"ב סי' ד ס"א. סידור ד"ה אם עשה). לטעם הב' בלבד מבואר במהדו"ק (סי' ד סי"ג) שיש להסתפק אם צריך דוקא עירוי ג"פ מהכלי דוקא. ולטעם הג' בלבד מבואר במהדו"ק (סי' ד ס"ב-ג) שא"צ שיבואו מכח אדם וא"צ כלי וא"צ רביעית אבל צ"ל מים הכשרים לנטילה. ובמהדו"ב (סי' ד ס"א) כותב את טעם הב' והג' יחד וכותב שצ"ל זריקת מים טהורים מן הכלי ככהן (ובס"ב) שצ"ל דוקא בשפיכה מהכלי ואינם טמאים (וגבי כהן במקדש ובנשיאת כפים ראה שוע"ר סי' קכח ס"ח). ובסידור (ד"ה לכתחלה) שצ"ל רביעית מים כשרים מכח כלי ומכח אדם לפי שכל נטילה הפסולה לסעודה אין לברך עליה בשחר, אבל המטביל בשעת הדחק במי גבאים פחות ממ' סאה מברך (שם ד"ה המהלך). ובשו"ת צ"צ (חאו"ח סי' א') מביא הוכחות שצ"ל מים הכשרים לנטילה.

ג) עד הפרק. לטעם הא' (היינו קודם התפלה) צ"ל עד חבור האצבעות לכף היד (סידור ד"ה אם עשה). לטעם הב' והג' מבואר בשוע"ר (מהדו"ק סי' ד ס"ז. מהדו"ב סי' ד ס"א) שצ"ל כמו בנט"י לסעודה (-אף שכהן במקדש ובנשיאת כפים צ"ל עד חבור היד והזרוע, כמבואר בשוע"ר סי' קכח ס"ח), ותלוי בב' הדיעות שבסי' קסא ס"ח. ובסידור פסק הן בנט"י לסעודה (סדר נט"י לסעודה ס"א) והן בנט"י בשחר (סדר נטילה ד"ה לכתחלה) שצ"ל עד חיבור כף היד לקנה (והוסיף שם) כי עד שם מתפשטת הטומאה. וביוהכ"פ פסק (סי' תריג ס"ב) יטול עד סוף קשרי אצבעותיו. והטעם לזה הוא כיון שביוהכ"פ ות"ב שורה הטומאה רק עד סוף קשרי אצבעותיו (אג"ק אדמו"ר זי"ע ח"ג עמ' קמח).

ד) ברכת ענט"י. לטעם הא' בלבד יש מחלוקת עם צריך לברך ונוהגים שלא לברך (שוע"ר מהדו"ב רס"י ד). ולכן כשאין ידיו נקיות לפני התפלה יטול ולא יברך (שם ורס"י ז וסי' צב ס"ג. סידור שם ד"ה אם עשה). ובנט"י שחרית כשאין לו מים ומנקי בכל מילי פסק במהדו"ק (סי' ד' ס"א) שיברך על נקיות ידים, אבל בסידור (סד"ה לכתחלה) פסק שכל נטילה הפסולה אין לברך עליה בשחר. לטעם הב' בלבד, בסידור (ד"ה לכתחלה) כ' "כי הברכה לא נתקנה בשביל העברת הטומאה מעל ידיו בלבד" ויש לפרש זה לכאורה בשני אופנים. אמנם להלן שם (סד"ה אם עשה) ובמהדו"ק (סי' ד סי"ד) מפורש שאם השכים ונט"י וחזר לישון לא יברך על נטילה שני' דבשביל טעם הב' בלבד אין מברכין. לטעם הג' בלבד מפורש בסידור (ד"ה לכתחלה) שצריך לברך. ואולי זהו גם דיוק לשונו (מהדו"ב סי' ד' ס"א) "ולכך תקנו לברך כו'" היינו מטעם הג' בלבד. וכ"נ גם במהדו"ק (רס"י ד), שאחר ביאור טעם הג' בלבד כ' שצריך לברך. וכ"ה ברס"י ז.